Ως τον 17ο αιώνα, ξένοι περιηγητές απέδιδαν μια ανέπαφη εικόνα των μνημείων και αυτή ήταν η κατάσταση ως τα μέσα του ίδιου αιώνα, όταν τα Προπύλαια, που είχαν μετατραπεί σε πυριτιδαποθήκη, ανατινάχτηκαν. Τριάντα χρόνια αργότερα, οι Οθωμανοί κατακτητές αποσυναρμολόγησαν τον γειτονικό ναό της Αθηνάς Νίκης για να χρησιμοποιήσουν το υλικό του στην ενίσχυση της οχύρωσης της Ακρόπολης. Ζοφερή χρονιά για την Ακρόπολη ήταν το 1687, όταν πολλά αρχιτεκτονικά μέλη του ναού διασκορπίστηκαν γύρω από τον βράχο της Ακρόπολης, λόγω μιας βόμβας των Ενετών. Ξένοι επισκέπτες ψάχνοντας μέσα στα χαλάσματα πήραν αρχαία θραύσματα ως αναμνηστικά. Τον 19ο αιώνα, ο Λόρδος Elgin αφαίρεσε αρχιτεκτονικά γλυπτά από τη ζωφόρο, τις μετόπες και τα αετώματα του Παρθενώνα.

Το 1833 αποσύρθηκε η τουρκική φρουρά από την Ακρόπολη. Αμέσως μετά την ίδρυση του Ελληνικού Κράτους άρχισαν συζητήσεις για την κατασκευή ενός μουσείου για την Ακρόπολη πάνω στον Βράχο. Το 1863, αποφασίστηκε να χτιστεί το μουσείο σε χώρο νοτιοανατολικά του Παρθενώνα και στις 30 Δεκεμβρίου του 1865 έγινε η θεμελίωση.

Το οικοδομικό πρόγραμμα για το Μουσείο προέβλεπε το ύψος του κτιρίου να μην υπερβαίνει τον στυλοβάτη του Παρθενώνα. Με έκταση μόλις 800 τ.μ., το κτήριο αποδείχθηκε γρήγορα ακατάλληλο να στεγάσει τα ευρήματα των μεγάλων ανασκαφών της Ακρόπολης που άρχισαν το 1886. Ένα δεύτερο μουσείο, το Μικρό Μουσείο, αναγγέλθηκε το 1888. Κατά τα έτη 1946-1947, το δεύτερο Μουσείο κατεδαφίστηκε ενώ το αρχικό επεκτάθηκε σημαντικά.

Από τη δεκαετία του 1970 φάνηκε ότι το Μουσείο δεν μπορούσε να αντεπεξέλθει ικανοποιητικά στα μεγάλα πλήθη των επισκεπτών του. Η ακαταλληλότητα του χώρου συχνά προκαλούσε προβλήματα και υποβάθμιζε το αισθητικό αποτέλεσμα που ήθελε να επιτύχει η έκθεση των αριστουργημάτων του Βράχου.

Την ανάγκη αυτή για τη δημιουργία ενός νέου Μουσείου της Ακρόπολης διατύπωσε πρώτος ο Κωνσταντίνος Καραμανλής τον Σεπτέμβριο του 1976, οριοθετώντας και τον χώρο στον οποίο τελικά κτίστηκε το νέο Μουσείο. Ο Κωνσταντίνος Καραμανλής με τη διορατική του ματιά, έθεσε ως αναγκαιότητα για την Ελλάδα, την κατασκευή ενός νέου Μουσείου που θα διέθετε όλες τις απαραίτητες τεχνικές εγκαταστάσεις για τη συντήρηση των ανεκτίμητων έργων της Ελληνικής τέχνης και όπου θα μεταφέρονταν τα γλυπτά του Παρθενώνος, οι Καρυάτιδες και όσα γλυπτά βρίσκονταν στις αποθήκες του παλαιού Μουσείου.

Για τους λόγους αυτούς, διεξήχθησαν δύο αρχιτεκτονικοί διαγωνισμοί το 1976 και το 1979. Το 1989 η Μελίνα Μερκούρη, που ως Υπουργός Πολιτισμού ταύτισε την πολιτική της με τη διεκδίκηση της επιστροφής των Γλυπτών του Παρθενώνα από το Βρετανικό Μουσείο, κίνησε έναν νέο διεθνή αρχιτεκτονικό διαγωνισμό. Τα αποτελέσματα του διαγωνισμού ακυρώθηκαν μετά την αποκάλυψη μιας μεγάλης οικιστικής περιοχής στο οικόπεδο Μακρυγιάννη που χρονολογείται από τους προϊστορικούς ως τους βυζαντινούς χρόνους. Η ανασκαφή έπρεπε να ενταχθεί μέσα στο Νέο Μουσείο.

Το 2000, ο Οργανισμός Ανέγερσης Νέου Μουσείου Ακρόπολης (ΟΑΝΜΑ) ανακοίνωσε πρόσκληση για συμμετοχή σε έναν νέο διαγωνισμό, ο οποίος ήταν σύμφωνος με τις Οδηγίες της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Αυτός ο διαγωνισμός τελεσφόρησε και απένειμε το πρώτο βραβείο στον Bernard Tschumi με τον Μιχάλη Φωτιάδη.

Σήμερα, το νέο Μουσείο της Ακρόπολης είναι στο σύνολό του 25.000 τ.μ. και διαθέτει εκθεσιακούς χώρους με εμβαδόν 14.000 τ.μ., δέκα φορές μεγαλύτερους από ό,τι στο παλιό Μουσείο. Το νέο Μουσείο προσφέρει όλες τις υπηρεσίες που απαιτούνται από ένα παγκόσμιο μουσείο του 21ου αιώνα.